Overview
African swine fever (ASF)는 매우 높은 발병률과 치사율을 보이는 질병으로, 세계 양돈 산업에 큰 영향을 주고 있습니다.
하지만 현재까지 상용화된 치료제나 백신이 없는 실정입니다. ASF 패널은 Genotype II에 속하는 26 종의 ASF 바이러스를 검출하기 위해 디자인된 패널로, 감염 경로 추적 및 바이러스 종 확인 등 여러 분야에 사용 가능합니다.
Features &
Benefits
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- 돼지 특이적인 Blocking oligo 제공
- 돼지 유전체에 존재하는 반복 서열들을 효과적으로 막고 바이러스 서열 만을 효과적으로 얻을 수 있음
- ASFV 바이러스 DNA를 매우 높은 효율로 Capture 할 수 있어합리적인 비용으로 분석가능
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- ASFV subtype의 분석 가능
- Genotype II 바이러스의 여러 subtype을 한번에 분석할 수 있도록 디자인
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- 효율적인 분석
- 채취하기 번거로운 조직 샘플이 아닌 혈액으로 실험 가능
- 일반적으로 혈액 샘플에는 바이러스가 적게 포함되어 있어 분석이 어려우나ASFV 패널 사용 시 정확하게 분석 가능함
Workflow
셀레믹스의 African Swine Fever Virus 패널은 돼지 말초 혈액에서 얻은 DNA 샘플을 사용하며, 비장과 같은 다른 조직 샘플에 비해 적은 양의 바이러스 DNA를 포함하고 있습니다. 하지만 채취하기 번거로운 조직이 아닌 혈액샘플로 진행하기 때문에 이 패널은 실험 준비 단계에서 편리하게 실험을 진행할 수 있는 장점이 있습니다. 또한, ASFV DNA에 최적화된 Target Capture Probe는 충분한 바이러스 염기서열 정보를 제공하여 추가적인 NGS 실험을 요구하지 않기 때문에, 비용 효율적인 측면에서 합리적인 실험이 가능합니다.
Performance
- 독자적인 시약 최적화 및 프로브 제작 기술을 바탕으로 높은 Coverage 및 Uniformity 달성
- 패널 성능 시험 결과 ASFV 유전체 전체에 대해 높은 Coverage 및 Uniformity를 보임을 확인하였습니다
- 바이러스 검출에 뛰어난 Target Capture Performance 및 합리적인 연구비용
- 셀레믹스의 ASFV 패널은 전체 1,039,018개의 read 중 29%의 바이러스 read를 얻었으며 이는 기존 WGS의 39,261 read (0.5%)에 비해 약 60배 많은 수치입니다.
Applications
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Research and detection of ASFV virus
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Investigation of route of ASFV infection