Pre-capture Multiplexing: An Efficient Strategy for NGS
차세대 염기서열 분석(Next-generation sequencing, NGS) 기술은 방대한 염기서열 데이터를 비용 효율적으로 생성할 수 있어 유전체 연구, 질병 진단 및 환경 모니터링 등 다양한 분야에서 널리 활용되고 있습니다. NGS 실험에서는 여러 샘플을 동시에 분석하기 위해 각 샘플에 고유한 인덱스 서열을 적용하여 데이터를 구분합니다.
각 샘플에 고유한 인덱스를 포함한 라이브러리를 제작한 후 Target Enrichment 반응 전에 풀링(Pooling)하여 준비하면 실험 비용과 시간을 절감할 수 있습니다.
Pre-capture multiplexing 방식은 개별 샘플마다 Target Enrichment 반응을 수행하는 것과 비교했을 때 다음과 같은 장점을 제공합니다:
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비용 절감: 시약 사용량을 줄여 보다 경제적인 실험이 가능합니다.
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실험 시간 단축: 여러 샘플을 풀링하여 하나의 반응으로 처리함으로써 실험 시간을 단축할 수 있습니다.
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균일한 데이터 커버리지 확보: 동일한 hybridization capture 반응을 거치므로 샘플 간 편차를 최소화하고 균일한 커버리지를 제공합니다.
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소량 샘플의 효율적 활용: hybridization capture에 필요한 라이브러리 양이 부족한 경우, 여러 샘플을 풀링하면 적은 샘플로도 충분한 데이터를 확보할 수 있습니다.
그러나 샘플을 균등한 비율로 혼합하지 않으면 일부 샘플에서 시퀀싱 데이터가 부족할 수 있으며, 낮은 품질의 라이브러리가 포함될 경우 전체 샘플의 결과에 영향을 미칠 수 있습니다.
Single-plex, 12-plex Pre-capture Multiplexing Target Enrichment 결과
셀레믹스는 다년간의 Target Enrichment 패널 개발 경험을 바탕으로, 최대 12-plex까지 안정적인 Target Enrichment 효율을 유지하도록 패널을 최적화하였습니다. 아래 그래프는 Single-plex와 12-plex 간의 pre-capture multiplexing 결과를 비교한 내부 검증 데이터로, 라이브러리 데이터 품질이 큰 편차 없이 유사한 수준을 유지함을 확인한 결과입니다.
셀레믹스는 다양한 연구 조건에 맞춰 Single-plex, 4-plex, 8-plex, 12-plex 등의 hybridization-based Target Capture 솔루션을 제공합니다.
