Robustness of Celemics polymerase for GC-rich or AT-rich Samples
Introduction | 인간을 넘어 다양한 종으로 확장되는 NGS
최근 들어 바이러스, 박테리아 등 인간 이외의 다양한 종에 셀레믹스 키트를 적용할 수 있는지 문의하는 고객이 늘고 있습니다.
이들 종의 경우, 매우 높은 또는 낮은 GC 비율을 가진 유전체 DNA를 보유하는 경우가 많으며, 이러한 특성이 실험 결과에 영향을 줄 수 있다는 우려가 제기되곤 합니다.
이번 포스트에서는 GC-rich 및 AT-rich한 유전체 DNA 샘플에서도 셀레믹스 Polymerase가 얼마나 안정적이고 균일하게 라이브러리를 증폭할 수 있는지를 실험 데이터를 바탕으로 소개하고자 합니다.
실험 조건 | 사용된 시료와 방법 | Conditions and Organisms
- Genomic DNA used:
1) Bacillus cereus (AT-rich)
2) Caulobacter segnis (GC-rich) - Input DNA: 50 ng
- Library Preparation Kit: Celemics Enzymatic Library Preparation Kit
- Sequencing Platform: Illumina NextSeq 500 system
1. 결과 | AT-rich 유전체 증폭 (Bacillus Cereus)
아래 그래프의 초록색 히스토그램은 Bacillus cereus gDNA를 50bp 단위로 분할하여 각 블록의 GC 비율 분포를 나타낸 것입니다.
이를 통해 Bacillus cereus가 AT-rich 유전체임을 확인할 수 있었습니다.
좌측의 Read Ratio는 각 블록이 평균 대비 얼마나 균일하게 증폭되었는지를 나타내며, 값이 1에 가까울수록 이상적인 증폭을 의미합니다.
셀레믹스 Enzymatic Library Preparation Kit로 제작된 라이브러리를 대상으로, 셀레믹스를 포함한 총 3종의 polymerase를 사용하여 증폭을 진행한 결과, 셀레믹스 polymerase는 주요 경쟁사 제품과 유사하게 AT-rich 구간에서도 균일한 증폭 성능을 보였습니다.
2. 결과 | GC-rich 유전체 증폭 (Caulobacter Segnis)
동일한 조건에서 GC-rich 유전체인 Caulobacter segnis gDNA를 대상으로 실험을 진행하였습니다.
그 결과, 셀레믹스 polymerase는 경쟁사 제품보다 높은 GC 비율 구간에서도 더욱 균일한 증폭 성능을 보여주었습니다.
결론 | 다양한 유전체에서 입증된 안정적인 성능
실험 결과를 통해 셀레믹스 polymerase는 GC-rich 및 AT-rich 영역 모두에서 우수한 균일성을 바탕으로 DNA를 증폭할 수 있음이 확인되었습니다.
다양한 종의 유전체 분석을 위한 라이브러리 제작이 필요하다면, 셀레믹스의 NGS 솔루션을 경험해 보시기 바랍니다.
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