차세대 시퀀싱 기술(Next-Generation Sequencing, NGS)이 상용화되면서 자성 비드(bead)를 이용한 DNA 정제는 생물학 관련 연구자들에게 보편화되고 있습니다.
자성 비드(Magnetid beads)를 이용한 DNA 정제(Purification)는 실험 과정의 단순함, 높은 재현성(Reproducibility) 및 강건성(Robustness), 쉬운 자동화 장비 적용, 효율적인 비용 등과 많은 장점들이 있습니다. 이러한 이유로 NGS를 사용하는 연구자들은 NGS library 제작 과정에서 자성 비드(Magnetid beads)를 적극 활용하고 있습니다.
저희 셀레믹스 역시 자성 비드 제품(CeleMag™ Clean-up Bead)을 고객들께 선보이고 있습니다. 자사의 Library prep kit와 Target Enrichment kit에 모두 사용되는 제품으로 최고 수준의 정제 효율과 재현성, 강건성을 바탕으로 많은 고객들에게 그 성능을 인정받고 있는 제품입니다.
[CeleMag™ Clean-up Bead의 DNA 정제 모식도]
DNA가 자성 비드를 이용해 정제되는 과정은 다음과 같습니다.
- 절편화된 DNA(Fragmented DNA) 샘플과 자성 비드를 섞어 DNA를 비드에 붙여줍니다.
- 이 DNA-비드를 자석으로 하나의 덩어리(Pellet)로 만든 후 상층액을 버리고 씻어줍니다(Washing).
- 그 후 Elution buffer(혹은 nuclease-free water)를 넣어 덩어리진 bead들을 잘 풀어준 후 비드를 제외한 상층액 만을 취해 정제된 DNA를 획득합니다.
[DNA 회수]
셀레믹스가 개발한 독자적 기술에 최적화 과정을 거쳐 탄생한 CeleMag™ Clean-up Bead는 실험 방법이 간단하면서도 세계 최고 수준의 DNA 회수 능력을 갖도록 제작되었습니다. 아래 표는 500 ng의 절편화 된 DNA를 CeleMag™ Clean-up Bead와 경쟁사의 제품으로 각각 정제한 비교실험 결과이며, 각 5회 반복 실험을 통해 CeleMag™ Clean-up Bead의 회수율 (86.5%)이 경쟁사 제품 (75.8%) 대비 약 10% 이상 높게 나온 것을 확인할 수 있습니다.
[절편화된 DNA의 크기 선별 능력]
CeleMag™ Clean-up Bead는 DNA 샘플과 비드의 비율을 조정하여 원하는 크기의 DNA들을 선별하는 기능이 있습니다. 이 효율적, 효과적인 선별 방법을 통해 각 NGS 시퀀싱 장비에 맞는 크기로 NGS library를 선별하실 수 있습니다. 본 결과를 보시면 샘플의 양(Volume) 대비 비드의 양이 줄어들수록 정제된 DNA library의 크기가 작아졌습니다. 본 실험에서 사용한 샘플의 양은 50 μL이며 비드의 양은 각 비율에 따라 섞어주었습니다. 본 실험의 결과는 Agilent 사의 TapeStation® 4200 장비로 측정하였습니다.
[절편화된 DNA의 양면 크기 선별 능력(Double-Sided Bead Clean-up)]
CeleMag™ Clean-up Bead는 또한 양면 크기 선별 능력을 가지고 있어서 사용자의 NGS library의 크기를 더욱 세밀하게 구분하여 정제할 수 있습니다. 특히 이러한 크기 선별 방식은 Illumina, MGI사의 시퀀싱 장비를 위한 library 뿐 만 아니라 DNA library의 크기에 민감한 Thermo 사의 Ion Torrent 장비를 위한 library 준비 과정 중 가장 중요한 과정입니다.
아래의 결과는 CeleMag™ Clean-up Bead가 가지고 있는 양면 크기 선별 결과이며 샘플의 양(Volume) 대비 bead의 양을 조절했을 때 정제되는 DNA의 크기 변화를 보여주는 예시입니다.
Innovative High Purification Efficiency Magnetic Bead for NGS Workflow > CeleMag™ Clean-up Bead Product Page 제품 페이지 바로 가기