Case Report: Illumina 플랫폼에서 Singular Genomics로 라이브러리 전환
CELEMICS는 다양한 NGS 플랫폼에 최적화된 키트를 제공하여, 고객들이 서로 다른 시퀀싱 시스템에서도 원활하게 연구를 진행할 수 있도록 지원합니다. 이번 게시글에서는 CELEMICS의 키트가 Singular Genomics NGS 플랫폼에 어떻게 맞춤화될 수 있는지 소개합니다.
워크플로우(Workflow)
먼저, Illumina 플랫폼용으로 준비된 NGS 라이브러리를 Singular Genomics 플랫폼에서 사용할 수 있도록 전환하는 방법을 살펴보겠습니다.
전환 과정은 기존 CELEMICS의 Illumina 라이브러리 준비 및 타겟 농축(Target Enrichment) 키트 워크플로우와 동일하게 진행됩니다. 즉, 이미 CELEMICS 제품을 사용 중인 고객이라면 실험 절차를 수정하지 않고도 Singular Genomics NGS 플랫폼으로 손쉽게 전환할 수 있습니다.
결과(Results)
CELEMICS의 전환(Conversion) 전략을 통해 처리된 라이브러리와 Illumina에서 준비된 Native Library를 비교하여 성능을 평가했습니다.
| No. | Library Preparation | Post-PCR Primer Set | Conc.(ng/uL) |
|---|---|---|---|
| 1 | Illumina Preparation | Illumina Native | 5.05 |
| 2 | 8.8 | ||
| 3 | Singular UDI-Primer | 6.54 | |
| 4 | 9.76 |
Experiment Condition: Hybridization with 500 ng library. Panel size over 1 Mbp, Post-PCR 14 Cycles
타겟 농축(Target Enrichment) 및 Post-PCR 또는 Conversion PCR을 수행한 후, 두 플랫폼에서 비교적 동등한 실험 결과를 확인할 수 있습니다. 이후, 셀레믹스의 바이오인포매틱스 파이프라인(Bioinformatics Pipeline)을 통해 Primary Analysis를 수행한 비교 분석을 진행했습니다.
| On-Target Ratio
| Duplication Ratio
| Fold 80 Base Penalty
| Uncovered Region
Duplication Ratio, On-Target Ratio, Fold 80 Base Penalty, Percentage of Uncovered Regions등의 지표에서 Illumina와 Singular 플랫폼 간 유의미한 차이가 없음을 확인했습니다.
이 결과는 CELEMICS의 Singular Genomics 플랫폼 Kit는기존 셀레믹스의 Illumina 플랫폼 키트와 동일한 Library Preparation kit와 Target enrichment 과정이 동일하며, Illumina 플랫폼에서 얻어진 것과 동일한 수준의 높은 품질의 시퀀싱 결과를 제공한다는 것을 입증합니다.
CELEMICS는 Singular Genomics 외에도 MGI, Element Biosciences, PacBio Onso 플랫폼에 대한 라이브러리 전환 키트(Library Conversion Kit)를 제공합니다.
