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GC 비율의 영향: 셀레믹스 라이브러리 제작 키트 및 Polymerase

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셀레믹스 라이브러리 제작 키트 & Polymerase: GC 비율에 따른 영향

차세대 시퀀싱(Next-Generation Sequencing, NGS)을 수행하려면 DNA 샘플은 특정 시퀀싱 플랫폼에 맞춘 라이브러리 준비 과정이 필요합니다. 또한, Target Enrichment와 같은 추가 실험을 수행하기 위해서는 PCR을 통해 라이브러리(Library)의 양을 증폭해야합니다. 이 때 사용한 샘플에 얼마나 많은 G/C 염기(base) 비율에 따라 PCR의 효율이 달라질 수 있습니다. 

셀레믹스는 샘플의 GC 함량이 결과에 미치는 영향을 최소화하여 샘플을 낭비하지 않도록 돕는 라이브러리 제작 키트(Library Preparation Kit)와 Polymerase를 제공합니다. 해당 게시글에서는 GC비율이 다른 두 가지 사례로 셀레믹스의 Library Prep kit와 Polymerase를 이용했을 때 샘플의 GC 비율에 따라 어떠한 영향이 있는지 보여드리도록 하겠습니다.

GC 비율에 따른 시퀀싱 깊이(Depth) 분포 비교

셀레믹스의 제품 성능을 검증하기 위해, 각각 낮은 GC와 높은 GC 함량을 가진  균주의 gDNA를 사용하여 비교 실험을 진행하였고, 그 결과는 아래와 같습니다. 

* 실험은 셀레믹스의 표준 library prep 프로토콜로 진행했으며, 시퀀싱은 일루미나사의 Nextseq 500 장비로 진행하였습니다. 또한, GC비율에 따른 영향을 보기 위해 genome을 일정 크기로 영역을 나누어 각 영역별 GC비율을 계산하고 해당 영역의 시퀀싱 depth를 표준화하여 아래의 데이터를 계산하였습니다.

GC 함량이 15%에서 85% 사이일 때 일관된 라이브러리 수율을 얻을 수 있음을 확인했습니다. 연구에 도움이 될 수 있는 셀레믹스의 제품에 대한 자세한 정보는 아래 링크 또는 support@celemics.com로 문의해 주시기 바랍니다.