셀레믹스 NGS Library Preparation Kit Workflow

셀레믹스 NGS Library Preparation Kit의 Workflow

셀레믹스는 NGS를 이용하는 다양한 고객의 편의를 위해 Illumina, MGI, Thermo Fisher(Ion Torrent)사 각각의 시퀀싱 플랫폼에 최적화된 library preparation kit를 제공합니다. 셀레믹스의 Library Preparation Kit는각 시퀀싱 플랫폼별로 두 가지(LP, EP) 방식의 키트로 구성되어 있으며, 이번 블로그 게시글로  LP, EP 키트의  Workflow를 소개하고자 합니다.

• NGS Library Preparation(LP) Kit | Workflow
  
  

  LP 키트는 이미 단편화 된 DNA*, 혹은 cfDNA같이 길이가 시퀀싱 장비에 알맞은 상태일 때 사용하는 키트입니다. 시퀀싱 플랫폼에 따라 약간의 차이가 있지만 보통 아래와 같은 과정으로 DNA library를 제작합니다.
  *보통의 경우 Sonication 혹은 Enzyme을 이용한 fragmentation 방법을 이용합니다.

  1. End Repair/A-tailing (ER/A): 절편화된 DNA는 sticky end를 가지고 있는 경우가 많이 있습니다. 이 과정은 Sticky end를 blunt end로 만들어준 후 3’ 말단에 A base를 하나 붙여주는 과정입니다. 합성된 A base는 다음 과정인 Adapter ligation에서 이용됩니다. 단, Ion Torrent platform에서는 A-tailing 과정은 진행하지 않습니다.

  2. Adapter ligation: 1번 과정을 통해 말단 처리가 된 DNA들에 각 시퀀싱 플랫폼에 사용할 수 있는 adapter를 붙이는 과정입니다. MGI, Ion Torrent 플랫폼은 이 과정에서 샘플을 구별할 수 있는 index를 붙여줍니다. 

  3. Purification: ER/A, Adapter ligation 과정 이후 남아있는 Enzyme들과 buffer를 제거하는 정제과정입니다.

  4. PCR: 정제된 DNA들을 시퀀싱 혹은 추후 실험에 이용할 수 있도록 PCR 방법으로 증폭하는 과정입니다. Illumina 플랫폼은 이 과정에서 샘플을 구별할 수 있는 Index 서열을 붙여줍니다.

  5. Purification: PCR 과정 이후 남아있는  Enzyme들과 Buffer를 제거하는 정제과정입니다.