블로커(Blocker)는 차세대 시퀀싱(Next-generation sequencing, NGS)의 정확도와 효율성을 높이기 위해 중요한 역할을 합니다.
셀레믹스는 모든 표적 인리치먼트(Target Enrichment) 키트에 사용되는 시퀀서(Sequencing Platform) 또는 종특이적 블로커(Blocker)를 제작 및 공급하여 최적의 NGS(Next-generation sequencing) 결과를 얻을 수 있도록 지원합니다.
이번 게시글에서는 셀레믹스의 블로커를 소개합니다.
블로커의 필요성(The Necessity of Blockers)
셀레믹스는 표적 인리치먼트(Target Enrichment) 키트 사용 시 최적의 성능을 위해 하이브리드화(Hybridization) 과정에서 블로커(Blocker)를 포함시키도록 안내하고 있습니다. 블로커(Blocker)를 사용하는 경우와 사용하지 않은 경우의 시퀀싱(Sequencing) 효율성 차이는 아래 테이블에서 확인할 수 있습니다.
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On-Target Ratio (1-PCT_OFF_BAIT) |
Fold 80 Base Penalty | Duplication Ratio | |
| Blocker | 88.88% | 1.85 | 2.05% |
| No Blocker | 34.02% | 1.94 | 1.19% |
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*본 실험은 Celemics Enzymatic Preparation kit (EP kit) for Illumina를 이용하여 100 ng의 HAPMAP Sample로 준비한 라이브러리를 사용하였습니다. Target Enrichment 실험은 각각 500 ng의 라이브러리를 이용하여 진행하였고 시퀀싱 데이터 분석은 약 2,000,000 read 로 균일하게 맞춰서 진행하였습니다. On-target 비율 및 다른 지표들은 사용한 패널에 따라 달라질 수 있습니다. |
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상기 표에서 확인할 수 있듯이, 온타겟(On-target) 비율에서 50% 이상의 유의미한 차이를 확인할 수 있습니다.
또한, 블로커(Blocker)를 사용한 데이터는 타겟 영역의 평균 시퀀싱 깊이가 62.33이며, 블로커(Blocker)를 사용하지 않은 데이터의 평균 시퀀싱 깊이는 23.85로 확인되었습니다 (데이터 생략). 전반적인 시퀀싱 데이터를 비교 확인한 결과, 효율적인 NGS 및 충분한 성능을 위해 블로커(Blocker)가 필요하다는 것을 명확하게 확인할 수 있습니다.
셀레믹스 블로커의 적용 가능한 범위 (Applications of Celemics Blockers)
셀레믹스 블로커(Blocker)는 안정성과 효율성을 향상시키기 위한 여러 단계의 처리 과정을 통해 제작됩니다. 이로 인해 안정적인 표적 인리치먼트(Target Enrichment) 효율을 제공합니다. 블로커(Blocker)의 핵심 제조 기술을 보유한 셀레믹스는 다양한 분야 및 시퀀싱 플랫폼에 맞추어 설계된 블로커(Blocker)를 제공할 수 있습니다.
Illumina, MGI, Thermo Fisher (Ion Torrent)와 같은 잘 알려진 시퀀싱 플랫폼에서 사용할 수 있는 블로커(Blocker)들을 보유하고 있으며 인간, 돼지, 쥐 등의 포유동물부터 식물인 벼 까지 다양한 종에 대한 블로커(Blocker)를 보유하고 있습니다.
또한, 새로운 시퀀싱 플랫폼과 타겟 종에 대해서도 확장 가능한 기술을 보유한 셀레믹스는 고객의 연구 과정에 계속해서 가치를 더할 수 있도록 함께할 준비가 되어있습니다.
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