NGS 라이브러리 Preparation 효율을 극대화하는 것은 제한된 양의 샘플로 작업할 때 특히 중요합니다. 환자 검체에서 얻은 샘플, 특히 FFPE나 cfDNA와 같은 경우에는 한정된 양의 샘플을 획득할 수 있어서 NGS 분석에 충분한 양의 DNA를 사용하기 어려울 수 있습니다. 따라서 이런 검체들로 실험을 할 경우 Target enrichment와 같은 후속 실험을 수행하기 위해 고효율의 DNA 라이브러리 Preparation 키트를 사용하는 것이 중요합니다.
셀레믹스는 고객들이 최적의 결과를 얻을 수 있도록 고품질과 고효율의 키트를 제공하고 있습니다. 또한 실험 방법의 개발과 최적화에도 노력을 기울이고 있습니다. 이러한 노력의 일환으로, 본 글에서는 한정된 Input 검체의 양으로 수율을 극대화하는 방법 중 하나로 Adapter 희석을 소개합니다.
1. Blood or Tissue genomic DNA에서의 결과
일반적으로, 고품질의 혈액이나 조직으로부터 추출된 genomic DNA는 충분한 양을 확보하고 라이브러리 제작을 할 수 있습니다. 셀레믹스의 라이브러리 Preparation 키트는 최소 input 양을 50 ng으로 권장하며 이를 준수할 경우 충분한 양의 라이브러리를 얻을 수 있습니다. 그러나, 저희는 추가적인 최적화를 위해 Adapter를 희석하여 yield를 비교하였습니다. 이 결과, Adapter를 1/20으로 희석하여 라이브러리 Preparation 키트를 사용할 경우 이전보다 더 높은 yield를 얻을 수 있음을 확인하였습니다.
2. FFPE genomic DNA에서의 결과
FFPE genomic DNA는 흔히 검체 양이 부족하며 DNA 품질이 낮을 수 있는 특징을 가지고 있습니다. 따라서, 고객들은 종종 권장 Input 양보다 적은 양으로 라이브러리를 제작하게 됩니다. 이에 도움을 드리고자 저희는 최소 Input 양인 50 ng보다도 적은 25 ng에서도 키트가 잘 작동하는지, 그리고 Adapter를 희석함으로써 yield가 어떻게 변하는지 확인하였습니다. 그 결과, Adapter를 1/20으로 희석할 경우 이전보다 약 네 배 더 많은 yield를 얻을 수 있음을 확인하였습니다.
3. Cell-free DNA에서의 결과
마지막으로, cell-free DNA의 경우 FFPE보다 더 적은 양으로 라이브러리 Preparation을 수행해야 할 때가 있습니다. 따라서 저희는 5 ng과 25 ng Input DNA 조건에서 Adapter를 희석하여 라이브러리 Preparation 효율의 변화를 조사하였습니다. 그 결과, Input 양이 적더라도 Adapter를 1/10으로 희석할 경우 가장 높은 효율을 얻을 수 있었습니다.
위의 실험 결과를 종합하면, 적은 입력 양의 DNA로도 고효율의 라이브러리를 얻을 수 있음을 확인할 수 있습니다. 더불어, Adapter의 희석을 통해 이러한 효율을 더욱 높일 수 있다는 것을 확인 했습니다. 따라서, 한정된 Input DNA 양으로 라이브러리 Preparation 시 Adapter를 희석하는 것이 결과를 개선할 수 있다는 것을 확인할 수 있습니다.