멀티 플랫폼 NGS를 위한 어댑터 및 라이브러리 변환 전략
멀티 시퀀싱 플랫폼 환경으로의 변화
NGS 시장은 Illumina 중심 구조에서 벗어나 다양한 시퀀싱 플랫폼이 병행되는 환경으로 변화하고 있습니다. 각 플랫폼은 서로 다른 어댑터 구조와 라이브러리 요구 조건을 갖고 있기 때문에, 키트 선택은 데이터 품질과 운영 효율에 직접적인 영향을 줍니다.
- 플랫폼 전용 어댑터 키트(Platform-specific adapter kits)
- 라이브러리 변환 키트(Library conversion kits)
플랫폼 호환성을 위한 두 가지 방식
- 플랫폼 전용 어댑터 키트(Platform-specific Adapter Kits)
셀레믹스는 다음 플랫폼에 대해 각 장비의 요구사항에 맞춘 전용 키트를 제공합니다. 각 플랫폼 별 전용 어댑터, 인덱스 및 블로커 올리고를 포함하고 있습니다.· Illumina
· Thermo Fisher (Ion Torrent)
· MGI
· GeneMind - Library Conversion 방식 키트(Library Conversion Kits)
셀레믹스는 Illumina 기반 라이브러리를 이용해 실험을 진행한 후, conversion 과정을 통해 다양한 시퀀싱 플랫폼에 적용할 수 있는 키트를 제공합니다. 라이브러리 제작과 유전자 포획을 완료한 후 마지막 단계에서 conversion을 적용하여 해당 장비에 로딩 가능한 형태로 변환합니다.
· MGI (App-D sequencing)
· Oxford Nanopore Technologies (ONT)
· PacBio
· Element Biosciences
· Singular Genomics
멀티 플랫폼 환경에서의 운영 전략
각 시퀀싱 장비는 구동 방식과 화학적 특성에 따라 고유한 장단점을 가지고 있습니다. 이러한 이유로 실제 연구 환경에서는 분석 목적에 따라 여러 플랫폼을 병행 운영하는 경우도 많습니다.
이와 같은 환경에서는 다양한 플랫폼에 대응할 수 있는 키트를 제공하는 공급사를 선택하는 것이 운영 효율 측면에서 중요한 요소가 됩니다.
각 플랫폼에서 최적의 성능을 확보하기 위해서는 해당 플랫폼의 전용 어댑터 구조를 사용하는 키트를 적용하는 것이 유리합니다. 추가적인 PCR이나 conversion 과정을 거치지 않기 때문에, 이 과정에서 발생할 수 있는 증폭 편향이나 샘플 손실을 최소화할 수 있습니다.
반면, 기존 Illumina 기반 워크플로우에 익숙한 경우에는 conversion 키트를 활용하는 것이 효과적인 전략이 될 수 있습니다. 기존 프로토콜을 유지할 수 있으며, 특히 자동화 장비를 사용하는 환경에서는 워크플로우 변경을 최소화할 수 있습니다.
또한 동일한 Illumina 기반 실험을 수행한 뒤 마지막 단계에서 conversion만 적용함으로써 시약 표준화 및 재고 관리 측면에서도 효율성을 확보할 수 있습니다. 시퀀싱 플랫폼의 다양화는 선택지를 넓히는 동시에 운영 복잡도를 증가시킵니다. 셀레믹스는 플랫폼 전용 어댑터 키트와 Conversion 키트를 모두 제공하여, 다양한 시퀀싱 환경에서도 유연한 운영이 가능하도록 지원합니다.
실제 Library Conversion 적용 사례 확인하기
다양한 시퀀싱 플랫폼 환경에서 Library Conversion이 어떻게 적용되는지 아래 사례를 통해 확인해보세요
멀티 플랫폼 NGS 워크플로우 설계가 필요하신가요?
시퀀싱 플랫폼 조합, 어댑터 선택, Conversion 전략에 따라 실험 효율과 데이터 품질은 크게 달라질 수 있습니다.
현재 워크플로우를 최적화하거나 멀티 플랫폼 환경 도입을 고려 중이시라면, 셀레믹스가 연구 목적에 맞는 최적의 구성을 함께 설계해드립니다.
