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Comprehensive Respiratory Virus Panel
Superior Success Rate even with Low Amounts of Clinical Sample
Overview
호흡기 바이러스 WGS 및 Celemics Comprehensive Respiratory Virus 패널
주요 호흡기 바이러스 유전체의 정확한 시퀀싱 및 식별을 위한 검출 패널이며, SARS-CoV-2 돌연변이 및 변종 (예 : Omicron, Delta)도 정확히 검출할 수 있습니다.
바이러스는 보다 전염성이 강해지고 치료하기 어려운 방향으로 끊임없이 진화하고 있습니다. 때문에 바이러스 종의 확산 능력 및 새로운 변종의 발견은 공중 보건적으로 매우 중요한 이슈입니다. Celemics Comprehensive Respiratory Virus 패널 (CRV Panel)은 인간 호흡기 질환을 유발하는 바이러스 9종 39바이러스주를 검출, 시퀀싱 하기 위해 개발되었습니다. NCBI RefSeq 데이터베이스를 기반으로 개발된 패널로 타겟 균주를 한 번에 검사할 수 있어 동시 감염 여부를 확인할 수 있습니다. 이러한 패널 특징은 바이러스 추적, 질병 대응 전략을 개발하는 데 도움이 될 수 있습니다.
Features & Benefits
SARS-CoV-2를 포함해 호흡기 관련 바이러스 9개 종의 39주 검출 가능
Comprehensive Respiratory Virus 패널은 호흡기 유발 바이러스 9종 39주를 동시 검출할 수 있는 패널로 SARS-CoV-2를 포함해 바이러스의 전장 유전체 정보를 제공합니다. 발생하는 모든 유전변이를 확인할 수 있어 기존에 보고된 변이뿐만 아니라 새로운 변이를 발굴할 수도 있습니다.
최적화를 통해 호흡기 바이러스에 대한 높은 검출 및 시퀀싱 성공률을 보이는 패널을 공급해 드립니다.
샘플에 구애받지 않는 높은 변이 검출율
셀레믹스의 CRV 패널은 바이러스 함량이 낮은 샘플이나 환경 유래 시료 등 저품질 샘플에 대해서도 높은 WGS 성공률을 보입니다. 또한 패널 최적화를 통해 최상의 Coverage를 가질 수 있도록 개발되었습니다.
Excellent and high coverage from clinical samples using CRV Panel
The performance test results from clinical samples show excellent Whole Genome coverage.
| Sample Type | Coverage (1X) | Coverage (10X) | Coverage (100X) |
|---|---|---|---|
| Clinical specimen | 99.95% | 99.87% | 98.95% |
Mutation Frequency and Genomic Structure of SARS-CoV-2 Variants
다수의 호흡기 바이러스 동시 검출 가능
셀레믹스의 CRV 패널은 호흡기 바이러스를 폭넓게 검사할 수 있는 패널입니다. SARS-CoV-2를 비롯해 의료적으로 중요하게 여겨지는 호흡기 질환 유발 바이러스 9종 39 균주를 검사할 수 있습니다. 바이러스 동시 검출도 가능해 동시 유행이나 감염 상황에서도 사용할 수 있습니다.
Easy assessment of numerous respiratory pathogens
※ Celemics provides stand-alone SW for BI analysis, allowing customers to access detailed data analysis information and ensuring the security of client sequence information.
SARS-CoV-2 Genome Coverage
1X Coverage
Virus Distribution / Virus Depth
Other Features
전용 분석 SW 지원 (Celemics Virus Verifier)
CRV 패널 데이터 분석을 위해 독자적으로 개발한 분석 SW를 지원합니다.
최적화된 실험 과정
‘Hybridization Enhancer’를 통해 Hybridization 시간을 최소화하였습니다.
ds cDNA synthesis 키트를 패키지 옵션으로 추가해 실험에 필요한 모든 요소를 한 번에 받아보실 수 있습니다.
다양한 시퀀싱 플랫폼 지원
Illumina, Thermo Fisher, MGI 등 다양한 회사의 시퀀싱 플랫폼에 호환됩니다.
Workflow
Inclusive preparation kit provided directly from Celemics
Portions of the procedure covered through the Complete Kit are highlighted in Red Competitors: 16 hours (Target Enrichment step, Hybridization Capture)
01
RNA extraction
02
NGS Iibrary Preparation
cDNA synthesis, NGS Prep.
~5 hours
03
Target enrichment
Hybridization capture
~ 4 hours
04
Sequencing
All Illumina and Thermo Fisher Scientific Sequencers
Depending on read length
05
Data analysis
Virus Data Report
~ 3 hours
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05
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Specification
“CRV Panel Specification”
| Target Virus | 9 types / 39 virus strains, including SARS-CoV-2 |
|---|---|
| Mutation Analysis | Variant detection, Viral mutation (SNV, Indel) from generated Whole Genome Sequence |
| Sample Type | URT, NP/OP, etc. |
| Platform | All Illumina and Thermo Fisher Scientific Sequencers |
| Kit Composition | Provides all required reagents, including RNA to cDNA kit, cDNA to captured library kit, and bioinformatics SW |
| Bioinformatics Pipeline | Stand-alone bioinformatics SW 'Celemics Virus Verifier' ( FASTQ to Visual Report ) |
Specification - Pathogen List
| Human Adenovirus | Coronavirus | Parainfluenza Virus | Respiratory Syncytial Virus |
|---|---|---|---|
| Human Adenovirus Type 1 (HAdV-C1) | Coronavirus HKU1 | Parainfluenza 1 (PIV 1) | Respiratory Syncytial Virus A (RSV A) |
| Human Adenovirus Type 2 (HAdV-C2) | Coronavirus NL63 | Parainfluenza 2 (PIV 2) | Respiratory Syncytial Virus B (RSV B) |
| Human Adenovirus Type 3 (HAdV-B3) | Coronavirus 229E | Parainfluenza 3 (PIV 3) | Human Metapneumovirus |
| Human Adenovirus Type 4 (HAdV-E4) | Coronavirus OC43 | Parainfluenza 4 (PIV 4) A | |
| Human Adenovirus Type 5 (HAdV-C5) | SARS-CoV-2 | Parainfluenza 4 (PIV 4) B | |
| Human Adenovirus 7 (HAdV-B7) | |||
| Human Adenovirus 14 (HAdV-B14 | Human Enterovirus | Human Rhinovirus (A/B/C) | |
| Human Adenovirus 21 (HAdV-B21) | Influenza A | EV-C104 | Human Rhinovirus A |
| Influenza A Virus (Flu A) | EV-C105 | Human Rhinovirus B | |
| Bocavirus 1/2/3/4 (HBoV) | Influenza A-H1 Virus (Flu A-H1) | EV-C109 | Human Rhinovirus C |
| Human Bocavirus 1 | Influenza A-H3 Virus (Flu A-H3) | EV-C117 | |
| Human Bocavirus 2 | EV-C118 | ||
| Human Bocavirus 3 | Influenza B | CV-A21 | |
| Human Bocavirus 4 | Influenza B Virus (Flu B) | EV-D68 |
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Resources
Technical Resources
Safety Data Sheets
References
Infect Prev Pract
SARS-CoV-2 in hospital air as revealed by comprehensive respiratory viral panel sequencing
Habibi N, Uddin S, Behbehani M, Abdul Razzack N, Zakir F, Shajan A. SARS-CoV-2 in hospital air as revealed by comprehensive respiratory viral panel sequencing. Infect Prev Pract. 2022 Mar;4(1):100199.
DOI 10.1016/j.infpip.2021.100199
J Clin Microbiol
SARS-CoV-2 Transmission from Human to Pet and Suspected Transmission from Pet to Human, Thailand
Piewbang C, Poonsin P, Lohavicharn P, Wardhani SW, Dankaona W, Puenpa J, et al. SARS-CoV-2 Transmission from Human to Pet and Suspected Transmission from Pet to Human, Thailand. J Clin Microbiol. 2022 Nov 16;60(11):e0105822.
DOI 10.1128/jcm.01058-22
Food Environ Virol
Detection of Norovirus Recombinant GII. 2 [P16] Strains in Oysters in Thailand
Kittigul L, Pombubpa K, Rupprom K, Thasiri J. Detection of Norovirus Recombinant GII.2[P16] Strains in Oysters in Thailand. Food Environ Virol. 2022 Mar;14(1):59–68.
DOI 10.1007/s12560-022-09508-1
Sci Rep
Whole-genome analysis and mutation pattern of SARS-CoV-2 during first and second wave outbreak in Gwangju, Republic of Korea
Chatterjee S, Kim CM, Lee YM, Seo JW, Kim DY, Yun NR, et al. Whole-genome analysis and mutation pattern of SARS-CoV-2 during first and second wave outbreak in Gwangju, Republic of Korea. Sci Rep. 2022 Jul 5;12(1):11354.
DOI 10.1038/s41598-022-14989-y