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High-throughput Genotyping
NGS-based target enrichment methods for higher genotyping efficiency in plant and animal research
Overview
유전체 자원에 대한 쉬운 접근성, 가용성은 효과적인 분자 육종을 위한 기본 조건입니다.
시퀀싱 기술의 발전으로 인간 유전체에 대해서는 분자 마커, 전체 유전체 서열 및 전사체 정보와 같은 다양한 자원이 제공되었으나, 농업 유전체학에 필요한 정보들은 아직 부족하며 또한 접근하기 쉽지 않은 상태입니다. 셀레믹스의 High-throughput Genotyping 패널은 Hybridization 기반 캡처 기술을 활용하여 타겟 유전자 영역을 고도로 농축시켜 비용 효율적으로 필요한 정보를 얻습니다. 이렇게 얻은 정보는 분자 육종 분야 등 유전체 정보가 필요한 농업 유전체학 연구에 새로운 통찰력을 제공합니다.
Features & Benefits
NGS 기반의 Target Enrichment 시퀀싱
NGS 기반의 Target Enrichment 방법은 기존의 GBS, PCR 및 Microarray에 비해 높은 정확도 및 비용 효율적으로 실험할 수 있습니다.
포괄적이며 높은 분석 정확도
새로운 SNV 마커의 발굴을 비롯해 100에서 10,000개의 마커에 대한 포괄적인 검사를 수행합니다. False-negative 및 False-positives 등 판정의 오류를 최소화한 높은 정확도를 가진 패널을 공급합니다.
다양한 종에 맞춰 최적화된 패널 제공
연구하고자 하는 종에 맞춰 최적화된 Blocking Reagent를 사용합니다. 보다 효율적으로 맞춤 제작된 패널을 제공하므로 비용 효율적인 연구를 수행할 수 있습니다.
극대화된 분석 효율
셀레믹스에서는 High-throughput 패널의 데이터 분석을 위해 특별히 고안된 Library Preparation 키트, 타겟 캡처 기술 및 인덱스를 공급합니다. 이를 통해 높은 효율로 대량의 유전자 정보를 처리할 수 있습니다.
Comparison with Conventional Technologies
| Advantages | Disadvantage | |
|---|---|---|
| Conventional GBS | 1. Sequencing of multiple samples due to lower amount of data required compared to WGS | 1. Limited biomarkers available due to limited conserved regions, reducing overall resolution 2. Unable to detect SNPs in the restriction sites |
| Microarray |
1. Higher reproducibility than conventional
GBS |
1. Hard to customize new targets (novel biomarkers) 2. Low flexibility to meet various kinds of genotyping |
| PCR | 1. Cost-effective for low number of samples 2. Easy and fast analysis | 1. Limited number of biomarkers to analyze at once 2. Inappropriate for mass-analysis of biomarkers |
| Celemics Target Enrichment | 1. Cost saving : Highly cost-effective when assessing multiple samples
2. Flexible customization : Novel biomarkers can be added or removed 3. Comprehensive analysis : Including novel SNP discovery 4. Exceptional performance : Celemics proprietary blocking oligo design technology 5. Wide compatibility : Compatible with a wide range of sample types |
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References
Cancer Research and Treatment
Varlitinib and Paclitaxel for EGFR/HER2 Co-Expressing Advanced Gastric Cancer: A Multicenter Phase Ib/II Study (K-MASTER-13)
Koo DH, Jung M, Kim YH, Jeung HC, Zang DY, Bae WK, Kim H, Kim HS, Lee CK, Kwon WS, Chung HC. Varlitinib and Paclitaxel for EGFR/HER2 Co-Expressing Advanced Gastric Cancer: a Multicenter Phase Ib/II Study (K-MASTER-13). Cancer Research and Treatment. 2024 Apr 29.
10.4143/crt.2023.1324
Summary | celemics publications
#Oncology
#ctDNA Sample
# AlphaLiquid® 100 Panel
Purpose
Varlitinib is a pan-human epidermal growth factor receptor (HER) inhibitor targeting epidermal growth factor receptor (EGFR), HER2, and HER4. We present a phase Ib/II study of a combination of varlitinib and weekly paclitaxel as a second-line treatment for patients with EGFR/HER2 co-expressing advanced gastric cancer (AGC).
Result
Genomic alteration landscape in circulating tumor DNA analysis according to the progression-free survival (PFS), overall survival (OS), and EGFR/HER2 immunohistochemical expression (n=15).
Conclusion
A combination of varlitinib and paclitaxel displayed manageable toxicity and modest antitumor activity in patients with EGFR/HER2 co-expressing AGC who progressed after first-line chemotherapy.
Method
The circulating tumor DNA (ctDNA) was extracted from the patient’s plasma (10 mL) at two time points (before treatment and at the first response evaluation or end of the treatment). The DNA NGS library and solution-based target enrichment were performed at IMBdx, Inc. (Seoul, Korea), using AlphaLiquid100. The captured DNA libraries were sequenced using the Illumina NovaSeq 6000 platform (Illumina, San Diego, CA) in the 2×150 bp paired-end mode.
Related Product
Circulating Tumor DNA Panel for
Colorectal / Lung / Breast Cancer
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| Colorectal Cancer | ||
|---|---|---|
| Sensitivity | Freq. 0.5% | 100% |
| Freq. 1.0% | 100% | |
| Specificity | 97.9% | |
| Breast Cancer | ||
|---|---|---|
| Sensitivity | Freq. 0.5% | 94.4% |
| Freq. 1.0% | 100% | |
| Specificity | 96.3% | |
| Lung Cancer | ||
|---|---|---|
| Sensitivity | Freq. 0.5% | 100% |
| Freq. 1.0% | 100% | |
| Specificity | 100% | |
Cancers
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Hwang J, Bang S, Choi MH, Hong SH, Kim SW, Lee HE, Yang JH, Park US, Choi YJ. Discovery and Validation of Survival-Specific Genes in Papillary Renal Cell Carcinoma Using a Customized Next-Generation Sequencing Gene Panel. Cancers. 2024 Jan;16(11):2006.
10.3390/cancers16112006
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Ammous-Boukhris N, Abdelmaksoud-Dammak R, Ben Ayed-Guerfali D, Guidara S, Jallouli O, Kamoun H, Charfi Triki C, Mokdad-Gargouri R. Case report: Compound heterozygous variants detected by next-generation sequencing in a Tunisian child with ataxia-telangiectasia. Frontiers in Neurology. 2024 May 31;15:1344018.
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10.1038/s41598-024-66525-9