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African Swine Fever Virus

Specifically designed to Identify various strains of ASFV in a single NGS reaction

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Overview

아프리카돼지열병 바이러스 (African Swine Fever Virus) 패널

아프리카돼지열병 (African Swine Fever, ASF)는 100%에 가까운 치명률을 가져 확산 시 양돈 산업에 큰 타격을 주는 질병이나, 현재 상업적으로 출시된 백신이나 치료제가 없습니다.

셀레믹스의 ASFV 패널은 아프리카돼지열병 바이러스를 효과적으로 식별하고 진단하기 위해 개발되었습니다. 본 패널은 한 번의 NGS 실행으로 Genotype II 형에 속하는 26가지 바이러스주를 동시에 식별할 수 있습니다.

감염 원인과 경로 식별 등 ASFV의 대규모 확산을 초기에 예방하고, 바이러스 백신을 개발하는데 필요한 유전정보를 제공해 드립니다.

African Swine Fever Virus
Features & Benefits

ASFV Genotype II 에 대한 포괄적인 분석 결과 제공

셀레믹스의 ASFV 패널은 Genotype II에 속하는 26 종의 바이러스주를 검출하기 위해 개발되었습니다. 바이러스 양이 적은 혈액 샘플로도 검사가 가능해 비장 조직 등 바이러스 양이 많은 샘플을 필요로 하는 여타 다른 검사법에 비해 간편히 수행할 수 있습니다.

The panel validation result shows high uniformity and high coverage at all levels

Comprehensive Analysis of ASFV Subtypes

Mean depth coverage uniformity

Coverage

돼지에 특화된 시약 사용

돼지에 특화된 Blocking Reagent를 사용하여 돼지 특유의 반복 서열 등 바이러스 DNA 이외의 불필요한 부분을 효과적으로 제거할 수 있습니다. 이를 통해 바이러스 DNA를 보다 효과적으로 선별하여 시퀀싱함으로써 기존의 WGS에 비해 비용 효율적인 연구가 가능합니다.

With the same sequencing amount, target enrichment NGS yielded 29% virus reads out of a total of 1,039,018 reads, while whole genome sequencing (WGS) yielded 0.5% virus reads (green) out of a total of 39,261 reads.

Swine-specific Blocking Reagent
Workflow
  • 일반적으로 혈액 샘플은 바이러스 DNA 함량이 적은 것으로 평가되어 기존의 검사법들은 비장 조직 샘플 등 바이러스 함량이 높은 샘플을 필요로 하는 경우가 많았습니다. 셀레믹스의 African Swine Fever Virus (ASFV) 패널은 혈액에서 유래한 DNA 샘플에서도 ASFV를 검출할 수 있습니다. 이는 실험의 편리성을 높여줄 뿐만 아니라 비용 효율적으로 NGS 데이터를 얻을 수 있도록 해줍니다.

DNA Library
Preparation

Hybridization

Sequencing

Analysis
with BI tools

Capture

african swine fever virus - workflow
Workflow
  • 일반적으로 혈액 샘플은 바이러스 DNA 함량이 적은 것으로 평가되어 기존의 검사법들은 비장 조직 샘플 등 바이러스 함량이 높은 샘플을 필요로 하는 경우가 많았습니다. 셀레믹스의 African Swine Fever Virus (ASFV) 패널은 혈액에서 유래한 DNA 샘플에서도 ASFV를 검출할 수 있습니다. 이는 실험의 편리성을 높여줄 뿐만 아니라 비용 효율적으로 NGS 데이터를 얻을 수 있도록 해줍니다.

DNA Library

Preparation

Hybridization

Capture

Sequencing

Analysis
with BI tools

african swine fever virus - workflow
Workflow
  • 일반적으로 혈액 샘플은 바이러스 DNA 함량이 적은 것으로 평가되어 기존의 검사법들은 비장 조직 샘플 등 바이러스 함량이 높은 샘플을 필요로 하는 경우가 많았습니다. 셀레믹스의 African Swine Fever Virus (ASFV) 패널은 혈액에서 유래한 DNA 샘플에서도 ASFV를 검출할 수 있습니다. 이는 실험의 편리성을 높여줄 뿐만 아니라 비용 효율적으로 NGS 데이터를 얻을 수 있도록 해줍니다.

DNA Library

Preparation

Hybridization

Capture

Sequencing

Analysis
with BI tools

african swine fever virus - workflow
Workflow
  • 일반적으로 혈액 샘플은 바이러스 DNA 함량이 적은 것으로 평가되어 기존의 검사법들은 비장 조직 샘플 등 바이러스 함량이 높은 샘플을 필요로 하는 경우가 많았습니다. 셀레믹스의 African Swine Fever Virus (ASFV) 패널은 혈액에서 유래한 DNA 샘플에서도 ASFV를 검출할 수 있습니다. 이는 실험의 편리성을 높여줄 뿐만 아니라 비용 효율적으로 NGS 데이터를 얻을 수 있도록 해줍니다.

DNA Library

Preparation

Hybridization

Capture

Sequencing

Analysis
with BI tools

african swine fever virus - workflow

Specification

*Gene Add-On Service: Genes can be added by customer’s request.
Target viruses* ASFV 26 strains
Target size 192 kb
Mutation type Virus detection, Virus genome assembly
Sample type (amount) Swine blood (> 50 ng of fragmented DNA)
Platform All sequencers from Illumina, Thermo Fisher, MGI, PacBio, and Oxford Nanopore
Bioinformatics Support Celemics Virus Verifier (Detection report)

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Resources

Technical Resources

[Product Overview] African Swine Fever Virus Panel

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[Best Practice] African Swine Fever Virus Panel

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[Product Overview] Celemics Target Enrichment Panel Overview

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[Catalogue] Celemics Products & Service Catalogue_All Products & Service

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Safety Data Sheets

MSDS_African Swine Fever Virus Panel_Illumina

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MSDS_African Swine Fever Virus Panel_Thermo Fisher

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MSDS_African Swine Fever Virus Panel_MGI

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References

SARS-CoV-2 in hospital air as revealed by comprehensive respiratory viral panel sequencing

Infect Prev Pract

SARS-CoV-2 in hospital air as revealed by comprehensive respiratory viral panel sequencing

Habibi N, Uddin S, Behbehani M, Abdul Razzack N, Zakir F, Shajan A. SARS-CoV-2 in hospital air as revealed by comprehensive respiratory viral panel sequencing. Infect Prev Pract. 2022 Mar;4(1):100199.

 

DOI 10.1016/j.infpip.2021.100199


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SARS-CoV-2 Transmission from Human to Pet and Suspected Transmission from Pet to Human, Thailand

J Clin Microbiol

SARS-CoV-2 Transmission from Human to Pet and Suspected Transmission from Pet to Human, Thailand

Piewbang C, Poonsin P, Lohavicharn P, Wardhani SW, Dankaona W, Puenpa J, et al. SARS-CoV-2 Transmission from Human to Pet and Suspected Transmission from Pet to Human, Thailand. J Clin Microbiol. 2022 Nov 16;60(11):e0105822.

 

DOI 10.1128/jcm.01058-22


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Detection of Norovirus Recombinant GII. 2 [P16] Strains in Oysters in Thailand

Food Environ Virol

Detection of Norovirus Recombinant GII. 2 [P16] Strains in Oysters in Thailand

Kittigul L, Pombubpa K, Rupprom K, Thasiri J. Detection of Norovirus Recombinant GII.2[P16] Strains in Oysters in Thailand. Food Environ Virol. 2022 Mar;14(1):59–68.

 

DOI 10.1007/s12560-022-09508-1


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Whole-genome analysis and mutation pattern of SARS-CoV-2 during first and second wave outbreak in Gwangju, Republic of Korea

Sci Rep

Whole-genome analysis and mutation pattern of SARS-CoV-2 during first and second wave outbreak in Gwangju, Republic of Korea

Chatterjee S, Kim CM, Lee YM, Seo JW, Kim DY, Yun NR, et al. Whole-genome analysis and mutation pattern of SARS-CoV-2 during first and second wave outbreak in Gwangju, Republic of Korea. Sci Rep. 2022 Jul 5;12(1):11354.

 

DOI 10.1038/s41598-022-14989-y


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